Christopher Cuellar se integró a la estructura de Selecciones Nacionales en 2005 iniciando como Auxiliar Técnico Voluntario de Selecciones Femeniles y fue entrenador de porteras. Tras graduarse como Director Técnico en 2011 ocupó el cargo de estratega en la Selecciones Sub-17 y Sub-20 Femeniles y, desde 2019, en la Selección Mayor Femenil.
Christopher participó en distintos cargos en 10 mundiales: dos mayores (Alemania 2011 y Canadá 2015), cuatro en Sub-20 (Rusia 2006, Alemania 2010, Japón 2012 y Francia 2018) y cuatro en Sub-17 (Trinidad & Tobago 2010, Azerbaiyán 2012, Costa Rica 2014, Jordania 2016).
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La Federación Mexicana de Fútbol agradece a Christopher Cuellar por los años en que formó parte de la estructura de Selecciones Nacionales y le desea el mayor de los éxitos en esta nueva etapa.